La jeune orpheline Sheeta, retenue prisonnière dans un dirigeable par Muska, le chef des armées, saute dans le vide en tentant d'échapper à des pirates de l'air. Elle atterit dans une cité industrielle où elle est receuillie par Pazu, un jeune pilote d'avion. Sheeta et Pazu découvrent que la jeune fille est la descendante des souverains de Laputa, une île mythique dans le ciel. Elle possède une mystérieuse pierre bleue qui indique l'endroit où se trouve l'île perdue dans les nuages. Une pierre convoitée par le cruel Muska et par la bande de pirates dirigés par la matrone Dora.

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